昌吉市位于天山北麓，地处亚欧大陆腹地，准噶尔盆地南缘，东邻乌鲁木齐市、米泉市，西毗呼图壁县，南与巴音郭楞蒙古自治州和静县相接，北和塔城地区和布克赛尔县、阿勒泰地区福海县接壤。南北长约260公里，东西宽约30公里，面积7963.9平方公里。昌吉市自古地处祖国西域，秦属匈奴，汉代为山北六国中的劫国和单恒国，乌贪訾离等地。汉宣帝神爵三年(公元前59年)西域都护府建立，归其管辖。

　　昌吉市气候属中温带大陆性干旱气候，冬季漫长而严寒，夏季短暂而炎热，春秋季节不明显，气候干燥，年(日)温差大，积温高，年日照时致2833小时，蒸发量大，降水少。气温随地势递增而递减，雨量随地势的递增而递增。北部沙漠地区海拔348—420米，空气干燥，热量充足，极端最高气温43.5摄氏度，极端最低气温零下42.2摄氏度，年平均5.8摄氏度，年降水量低于130毫米，春秋多风沙。

　　昌吉市南缘的天山山脉中段山区海拔1500米以上的山峰横空矗立，沟壑纵横，丰富的山区冰川融水，构成了全市的主要河流发源地和水源补给地。发源于天山北麓的高山冰川的头屯河和三屯河二条河流自南向北贯穿昌吉市，为全市人民生活和工农业生产提供了主要水源。由南部山区天然林、中部平原疏林、人工林和北部荒漠灌木林三部分组成了全市丰富的森林资源。

　　昌吉市境内野生动植物资源品类众多，数量丰富。木本植物有云杉、落叶松、山杨、桦树、花山楂、野蔷薇、忍冬、花楸、苦杨、平原地区有沙枣、柳、山杨、青杨、钻天杨、白腊、榆树，沙漠地区有红柳、梭梭。草本植物有苔草、珠芽蓼、鹅冠草、羽衣草、狐茅等。平原地区有野苜蓿、雀麦、马蔺、羊茅、骆驼刺等；同时还生长着贝母、党参、雪莲、甘草、阿魏、锁阳、大芸、麻黄、枸杞、苍耳等药材植物一百余种。野生动物有雪豹、蒙古野驴、北山羊等12种国家一级保护动物。还有棕熊、石貂、黄牛、大头羊等42种国家二类保护野生动物。

　　吉境内自然景观甚多，硫磺沟、庙尔沟，数十公里地带，傍山依水，树木葱茏，野花丛生，风光秀丽，是夏季理想的避暑胜地。著名的金涝坝、努尔加、索尔巴斯道草场，松涛白云，绿草茵茵，溪泉遍布，一片绮丽多彩的天然景色。天工雕凿的众多风化融石，有的似金猴望月，有的如雄狮卧野，有的如秀女顶盘，有的直插云天，千姿百态，婀娜多姿，令人观赏后赞叹不已。平原地区有近年来人工建造的青格达湖旅游区，由猛进水库和人造林场组成，这里水清鱼跃，垂柳拂岸，亭台曲径，人们闲遐之际，漫步于林荫亭阁之间，泛舟于微波之上，尽情亭受自然风光之美。市区内的北公园，占地413亩，园内林木苍郁，鲜花斗艳，建有旱冰场、蘑菇厅、滑梯、大型游艺飞机、登月火箭等，是各族人民劳动

　　休遐的游览憩息场所。境内还有唐朝时修建的昌吉古城，清朝乾隆时期修建的宁边城和芦草沟古城、新渠城及修建于清嘉庆元年(1796年)的清真寺，清同治元年(1862年)兴建的陕西寺，清光绪八年(1882年)兴建的兰州寺以及开辟百年之久的二六工拱北等古迹及大批出土文物。