南岔镇隶属安西县，历史悠久，境内有汉、藏、回、蒙、白、东乡、裕固等7个民族。据史料记载,早在三、四千年前这里就有人类定居，且有了原始的畜牧业和农业，自古以来便是西域邻近府县重要的粮食、经济作物生产基地和牛羊养殖基地，孕育了一代又一代的生命延续。南岔以地处八工渠分水岔之南而得名，解放前属瓜州区管辖，1958年撤区并乡，南岔与六工、八工乡合为南岔乡，1964年易名南岔公社，1982年复名为南岔乡，2003年经省民政部门批准正式更名为南岔镇。

　　南岔镇地处古瓜州(安西县)西南17公里处，占地面积792平方公里，是全县人口最多的农村集镇。镇区东与安西县城紧密相连，西与国际旅游名城敦煌为邻，南与肃北蒙古族自治县毗连，北与瓜州乡接壤,313国道穿腹而过。全镇辖８个行政村，56个村民小组，3000户1.2万人，现有耕地7万亩，可垦宜农面积15万亩。南岔镇位于祁连山地边缘，平均海拔1350米， 地势由南向北倾斜，中贯截山，山南草原广阔，宜于放牧，山北地势平坦，宜于农耕,平均海拔1350米，年日照数3260小时，年平均气温8.8℃，无霜期150天，平均降水量45.6毫米，蒸发量3140.6毫米，冬季寒冷，夏季炎热。种植的瓜州蜜瓜、西瓜、葡萄含糖量高、皮薄瓤厚、甘甜爽口，远销北京、长春、兰州等十多个城市；生产的棉花色白、绒细、衣份长，畅销上海、陕西、重庆等地，素有“瓜果之乡”、“植棉大乡”之美誉，是安西县农林牧业发展最具前景的乡镇。.

　　2020年3月，甘肃省爱国卫生运动委员会命名南岔镇为2019年度甘肃省卫生乡镇（街道）。

　　2014年6月，环境保护部授予南岔镇2012—2013年度国家级生态乡镇称号。